濾過バクテリア（＝生物濾過）を重要視するのが、水質を安定させるために現在主流とされます。濾過バクテリアとは、食べ残された餌や魚の排泄物を分解し、魚にとって有害である物質（アンモニアなど）を、害の少ない物質（硝酸塩など）に変化させてくれる、目には見えない生き物です。

またそれらは、水草にとっては吸収しやすいものであるため、養分となります。つまり、水槽の中の濾過バクテリアが元気であることで、水質悪化になるスピードを緩やかになります。

また、水草は硝酸塩や亜硝酸を吸収するので、適宜の水草を植えておくことで水質悪化にするスピードはさらに緩やかになります。

そうして、濾過バクテリアが水槽内に定着するにつれ水質が安定し、水槽の中の魚が病気になりにくい等、魚にとっても大変住み良い環境になります。

新規に立ち上げた水槽では3週間ほど経つと水質が安定しはじめ、しっかりと安定するまでには１年ほどかかると言われています。

1?3ヶ月の間は一気に水質悪化することが多々あるので特に気をつける必要があります。初めて飼育するときは、そんなこと知らないので、気が付いたら（弱い個体を何匹かを死なせてしまう）通り過ぎていたりするのですが、その時期を安全に過ごすためにも、「ショップなどから たね水をもらってくる」・「少量ずつこまめに水換え」・「パイロットフィッシュを導入する」などの方法があります。

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